PCR實驗室應相對獨立，盡量避免與其他普通實驗套疊或者有通道上的交叉。看過一個圖，他們的PCR實驗室設置在檢驗科的里面，醫廢和標本的運送要穿過檢驗科的整個走廊，這種情況、物流、污物均在同一個通道，風險較高，應盡量避免。
設置區域：
PCR實驗室應設置以下區域：試劑儲存和準備區、標本制備區、擴增區、擴增產物分析區。這個4個區域在物理空間上必須完全獨立，各區域無論是空間上還是在使用中，應當始終處于完全的分割狀態，不能有空氣的直接相通。根據使用儀器的功能，區域可以適當合并。每個區域間設置傳遞窗，要求一側打開時另一側無法打開。4個區域應設置獨立的緩沖間，應設置可以通到四個操作區域的PCR走廊，在進入各區域前，應設置更衣間，每個區域的衣服可用不同顏色進行區分，在清潔區應設置洗澡間、衛生間、值班室。還應考慮到醫廢和標本的運送通道。
1.進入各工作區域應當按照單一方向進行，即試劑儲存和準備區→標本制備區→擴增區→擴增產物分析區。
2.各區域的設備、清潔用具標記明確，不得混用。
3.各區域的衣服用不同顏色標記，離開各區域時不得將工作服帶出。
4.試驗臺用移動式紫外線燈消毒，高度60-90cm。擴增區延長照射時間，是過夜照射。同時各區域還需安裝懸掛式紫外線燈管。
5.各試驗區盡量避免不必要的走動和進出，減少風險。
6.擴增產物分析區可能會用到某些可致基因突變和有毒物質，應特別注意實驗人員的安全防護。
1、主體結構：
主體為彩鋼板、鋁合金型材。室內所有陰角、陽角均采用鋁合金50內圓角鋁，從而解決容易污染、積塵、不易清掃等問題。結構牢固，線條簡明，美觀大方，密封性好。
2、標準的三區分隔和氣壓調節：
將PCR過程分成試劑準備、標本制備和PCR擴增檢測三個獨立的實驗區。整個區域有一個整體緩沖走廊。每個獨立實驗區設置有緩沖區，同時各區通過氣壓調節，使整個PCR實驗過程中試劑和標本免受氣溶膠的污染并降低擴增產物對人員和環境的污染。
可打開緩沖區Ⅰ，緩沖區Ⅱ和 PCR 擴增區的排風扇往外排氣，在實驗區的外墻上和各扇門上都安裝有風量可調的回風口，空氣通過回風口向室內換氣。
3、 消毒：
在三個實驗區和三個緩沖區頂部以及傳送窗內部安裝有紫外燈，供消毒用。在試劑準備區和標本制備區 還設置移動紫外線燈，對實驗桌進行局部消毒。
4、機械連鎖不銹鋼傳遞窗：
試劑和標本通過機械連鎖不銹鋼（不建議使用電子連鎖方式）傳遞窗傳遞，保證試劑和標本在傳遞過程中不受污染（人物分流）
5、 地面
地面建議使用PVC卷材地面或自流坪地面，整體性好。便于進行清掃，耐腐蝕。沒有條件的也可采用水磨石地面，或大塊的瓷磚（至少800mm×800mm）接縫需要小于2mm。
6、照明
燈具要選用凈化燈具，能達到便于清洗、不積塵的特點。
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